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一是概念不同——事业单位是为了社会公益目的，由国家机关举办或者其他组织利用国有资产举办的，从事教育、科技、文化、卫生等活动的社会服务组织。而行政机关是依宪法和有关组织法的规定设置的，行使国家行政职权，负责对国家各项行政事务进行组织、管理、监督和指挥的国家机关;
二是担负的职责不同——行政单位是负责对国家各项行政事务进行组织、管理和指挥;而事业单位是为了社会的公益目的从事教育、文化、卫生、科技等活动。
三是编制和经费的来源不同——行政单位使用行政编制，由国家行政经费负担。事业单位使用事业编制，由国家事业经费负担，其经费形式还分为财政全额拨款、差额补贴和自收自支。
四是推进工作的方式不同。行政单位推进工作的方式主要有行政许可、行政处罚、行政强制和行政裁决等，具有较强的命令性和强制性，而事业单位并无此特性。
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